+21°
Сообщить новость
30.05.2012 09:29

Лаборатория на базе МФТИ достигла успехов в биоинформатике

Рейтинг:
Лаборатория на базе МФТИ достигла успехов в биоинформатике

Лаборатория суперкомпьютерных технологий для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур I-SCALARE, созданная в рамках гранта Правительства России на базе Московского физико-технического института (МФТИ), представила новые успешные результаты своих научных исследований. Проект реализуется при участии сотрудников МФТИ и корпорации Intel. Группа компаний РСК разработала и установила инновационный вычислительный кластер.

Биоинформатика и моделирование лекарственных препаратов - одни из самых быстрорастущих областей, где есть острая необходимость использования высокопроизводительных вычислений на суперкомпьютерах. «Перед лабораторией I-SCALAREпод рукодством Владимира Пентковского поставлена задача по решению важных проблем из области современной биоинформатики, – отметил Николай Кудрявцев, ректор Московского физико-технического института. Новые научные результаты были представлены в рамках пресс-конференции в МФТИ при участии корпорации Intel и группы компаний РСК. Камиль Исаев, генеральный директор по исследованиям и разработкам корпорации Intel в России, представил основные направления деятельностилаборатории I-SCALARE. Главным из них является разработка проблемно-ориентированных архитектур вычислительных систем для задач биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур. В качестве «целевых» были выбраны несколько прикладных вычислительных задач, связанных с моделированием вирусов, клеточных мембран, а также взаимодействия белков и внешних полей с клеточными мембранами.
Исследовательская группа под руководством профессора Романа Ефремова при Институте биоорганической химии РАН конструирует новый класс антимикробных соединений. Получены микросекундные траектории молекулярной динамики мишени действия антибиотиков в мембране бактерий. Использование обновленного суперкомпьютера лаборатории I-SCALARE позволяет получать траектории такой длительности для систем, содержащих свыше 50 тыс. атомов, примерно за неделю. В настоящее время подобный расчет занимает 100 дней. В перспективе такие исследования могут привести к созданию нового класса антибиотиков, не подверженных появлению резистентности у бактерий.

О моделировании структуры белковой оболочки и молекулярной динамики опасных для человека вирусов типа Flavivirus (например, вируса лихорадки Денге) и процессов их взаимодействия с клетками организма, рассказал ведущий научный сотрудник В.А. Палюлин. В ходе исследований построены молекулярные модели мембраны вириона и фрагмента белковой оболочки, включающие миллионы атомов. Это позволило получить информацию о пространственном строении вирусного белка, не доступную экспериментальными методами, а затем проанализировать его динамическое поведение и связывание с ним молекул, препятствующих слиянию флавивирусов с клетками человека. Перспектива исследований - создание в будущем препаратов для лечения тяжелых нейродегенеративных заболеваний, в частности болезни Альцгеймера.

Инновационный вычислительный кластер в МФТИ

Пилотная система лаборатории в этом году была модернизирована до уровня мощного вычислительного кластера. Эта система занимает 20 место в текущей редакции списка Top50 самых высокопроизводительных суперкомпьютеров России и стран СНГ. Модернизированный кластер лаборатории I-SCALARE состоит из 112 вычислительных узлов. Как рассказал Александр Московский, генеральный директор компании «РСК Технологии», суперкомпьютер МФТИ - первое в мире энергоэффективное суперкомпьютерное решение с передовым жидкостным охлаждением для массово доступных стандартных серверных плат. Обновленная кластерная система МФТИ оснащена системой хранения данных емкостью 10 ТБ (ранее было 3 ТБ).

Об истории создания лаборатории I-SCALARE

В 2010 г. сотрудник корпорации Intel Владимир Пентковский совместно с учеными МФТИ представил на конкурс Министерства образования и науки России программу по исследованию и разработке программно-аппаратных архитектур, которые были бы максимально эффективны при решении сложных задач биоинформатики и фармакологии. Пентковский, известный разработчик программно-аппаратных архитектур, заслуженный исследователь Intel, обладает большим опытом создания научных коллективов в России, США и Индии. Он владеет 40 международными патентами. Проект Пентковского, выступившего руководителем проектной команды, вошел в число 40 победителей и получил грант в 150 млн. руб. на создание лаборатории в МФТИ и проведение исследований по предложенному им проекту.  

217

Если вы стали очевидцем какого-либо события или просто обнаружили важную новость, присылайте ее нам

Не забудьте подписаться на нас в соцсетях:

Популярное
Лента новостей