Для удобства перевозчиков разработана подсистема «Электронный карантинный сертификат». Она позволяет выдавать сертификат в форме электронного документа, подписанного усиленной квалифицированной электронной подписью соответствующего должностного лица. Также в электронной форме стало доступно «Извещение о доставке подкарантинной продукции».
Для получения электронного документа необходимо представить в территориальный орган Россельхознадзора комплект документов в соответствии ФЗ № 206 «О карантине растений».
Карантинный сертификат оформляется в течение трех дней со дня представления полного комплекта документов с указанием достоверных сведений через внесение их в ФГИС «Аргус-Фито».